「淡新檔案」收錄1,162案，共19,246件，分行政、民事及刑事三大類。 是清乾隆四十一年（1776）至光緒二十一年（1895）淡水廳、臺北府及新竹縣的行政與司法檔案，經戴炎輝教授整理後，於民國75年移交給台大圖書館特藏組珍藏，進行出版及數位化工作，並建置資料庫提供民眾檢索使用。

「明清臺灣行政檔案」收錄46,709件全文資料。 內容為明清時期，與台灣有關之的官方行政公文。 來源包括故宮收藏之月摺檔、宮中檔、諭旨等，亦包含中央研究院典藏之內閣大庫檔案部份選件。 本文獻集由行政院文建會與國立台灣大學圖書館合作，彙整現存明清檔案中與台灣相關部份，並進行全文數位化。 關於「明清臺灣行政檔案」的進一步介紹與收錄之完整書目列表，請見： 明清臺灣行政檔案介紹 (pdf) 與 明清臺灣行政檔案書目列表。

「古契書」收錄40,428件全文資料。 本文獻集由國立台中圖書館與國立台灣大學圖書館等單位合作，將台灣總督府檔案抄錄契約文書、岸裡大社文書等內容加以數位化。 內容含括明清以降，台灣的各類契約，其中又以土地契約為最多，但亦包括相關之公私文書，如契尾或婚姻契等。內有土地移轉關係圖示，須使用Firefox瀏覽器方能顯示。 關於「古契書」收錄之來源完整列表，請見： 古契書資料來源。